Στην παθογένεια των τροφικών αλλεργιών συμμετέχουν σε μεγάλο βαθμό γενετικοί παράγοντες. Παιδιά με οικογενειακό ιστορικό στις αλλεργίες διτρέχουν περίπου το διπλάσιο κίνδυνο, από αυτά που δεν έχουν. ​

​   

Τροφικές αλλεργίες μπορούν να εκδηλωθούν σε οποιοδήποτε στάδιο της ζωής (συνήθως στη βρεφική ηλικία). Ωστόσο ένα ποσοστό αυτών υποχωρωρεί με το πέρασμα του χρόνου, το γεγονός αυτό ενδεχομένως να εξηγεί τον ελαφρώς υψηλότερο επιπολασμό της νόσου στα παιδιά. Ακόμα υψηλότερο επιπολασμό εμφανίζουν τα παιδιά που έχουν διαφνωστεί με άλλα νοσήματα που εμπλέκεται το ανοσοποιητικό σύστημα (πχ άσθμα) ​

​