Μεγάλη έκταση στο έργο του Παπαδιαμάντη κατέχει το πρόβλημα της θέσης της γυναίκας στην ελληνική κοινωνία. Ο «κοσμοκαλόγερος» ή «αναχωρητής» Παπαδιαμάντης είναι ο πιο θερμός συνήγορος και υπερασπιστής των κοινωνικών δικαιωμάτων της Ελληνίδας.

Ο κοινωνικός χαρακτήρας της «Φόνισσας» συνίσταται στην παρουσίαση του σοβαρού προβλήματος της καταπίεσης της γυναίκας στην ανδροκρατούμενη κοινωνία της υπαίθρου την εποχή που έζησε ο συγγραφέας. Η κεντρική ηρωίδα του διηγήματος, η Φραγκογιαννού, είναι ένας ακραίος τύπος γυναίκας, με αβυσσαλέα ψυχολογία,  που ξεφεύγει από τα όρια της αποδεκτής ανθρώπινης συμπεριφοράς και καταλήγει σε μια απάνθρωπη φονική δράση, επειδή λυγίζει μπροστά στο βάρος των δυσκολιών της ζωής και χάνει τα λογικά της. Γι’ αυτήν δεν υπάρχει τίποτα θετικό στη ζωή μιας γυναίκας, γι’ αυτό είναι προτιμότερο να μην γεννιούνται κορίτσια ή, και αν γεννιούνται, να τα πνίγουν οι γονείς τους. Εδώ γίνεται σαφές ότι η Φραγκογιαννού προβάλλει στα μικρά κορίτσια την απόλυτα αρνητική εικόνα που έχει η ίδια για τον εαυτό της, καθώς έχει περάσει τη ζωή της υπηρετώντας τους άλλους, ενώ έχει παράλληλα την αίσθηση ότι οι άλλοι την αδίκησαν. Η ηρωίδα παντρεύτηκε έναν άνδρα που είχε επιλέξει γι’ αυτήν ο πατέρας της, ανίκανο και άβουλο, λαμβάνοντας αντίστοιχα μια μικρή προίκα. Ο γάμος αυτός και η μικρή προίκα θα σφραγίσουν την μετέπειτα πορεία της. Η μίζερη ζωή της, η διαρκής ενασχόλησή της με τη δυστυχία του παρελθόντος και η διάψευση των προσδοκιών της στο παρόν θα την οδηγήσουν στο έγκλημα, με τη διεστραμμένη πεποίθηση πως αυτό που κάνει αποτελεί πράξη αγαθοεργίας εφόσον απαλλάσσει τα μικρά κορίτσια από μια ζωή δυστυχίας και πόνου.

Από την παραπάνω παρουσίαση προκύπτουν τα ακόλουθα συμπεράσματα για τη θέση της γυναίκας εκείνη την εποχή: ήταν κοινωνικά περιθωριοποιημένη και αυτό είχε ως αποτέλεσμα να μην έχει ισότιμη αντιμετώπιση με το αντρικό φύλο. Όφειλε να δεχθεί ως σύζυγο τον άνδρα που επέλεγαν για κείνη οι γονείς της, γεγονός που καθιστούσε τους γάμους από έρωτα σχετικά σπάνιους. Επομένως, ο γάμος φαίνεται να αποτελεί μια εμπορική συμφωνία ανάμεσα στον πατέρα και τον υποψήφιο γαμπρό χωρίς κανένα ενδιαφέρον για τη θέση της κοπέλας. Το βασικό δηλαδή σημείο που κρίνει την πραγματοποίηση ενός γάμου είναι η προίκα. Ο θεσμός, που θεωρητικά λειτουργούσε ως ένα βοήθημα για τη νέα κοπέλα, είχε καταλήξει ένα υποχρεωτικό και κάποτε δυσβάσταχτο βάρος για τους γονείς. Μια καλή προίκα πάντως μπορούσε να εξασφαλίσει ένα καλό γαμπρό για τη γυναίκα, προσφέροντας έτσι μια καλύτερη ζωή. Αντιστοίχως μια μικρή προίκα σήμαινε έναν υποδεέστερο γαμπρό και άρα μια δύσκολη ζωή για τη γυναίκα. Επιπλέον η θέση της γυναίκας στην κοινωνία, όπως αυτή προβάλλεται μέσα από τη ζωή της ηρωίδας, είναι να υπηρετεί την οικογένειά της από τη μικρή της ηλικία ως τα γεράματα. Άλλωστε μετά το γάμο, περνούσε από τον έλεγχο του πατέρα στον έλεγχο του συζύγου. Αυτό πιστοποιούσε το γεγονός ότι θεωρούνταν κατώτερη από τον άνδρα και άρα βρισκόταν σε θέση εξάρτησης από αυτόν.