Το Δημοτικό Σχολείο Ειδικής Αγωγής του Γ.Ν.Θ. «Γ.Παπανικολάου» λειτουργεί στο πλαίσιο του Γενικού Νοσοκομείου (Νόμος 3699/2008) και αποσκοπεί στην κάλυψη των ειδικών εκπαιδευτικών αναγκών παιδιών ηλικίας 6 έως 12 ετών, που νοσηλεύονται στις κλινικές του Νοσοκομείου και πρωτίστως στο Ψυχιατρικό Τμήμα Παίδων – Εφήβων.

Λειτουργεί από το σχολικό έτος 2000-2001 (ΦΕΚ 1157/19-9-2000) και εδρεύει στο κτίριο της Ψυχιατρικής Κλινικής, ενώ συστεγάζεται με το Ειδικό Νηπιαγωγείο του νοσοκομείου. Το σχολείο υπάγεται διοικητικά στο Υπουργείο Παιδείας, Θρησκευμάτων και Αθλητισμού και στη Διεύθυνση Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης Ανατολικής Θεσσαλονίκης. Είναι οργανικά 2/θέσιο, ωστόσο λειτουργεί ως μονοθέσιο, στελεχωμένο από μία εκπαιδευτικό Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (ΕΑΕ), η οποία εκτελεί και χρέη Προϊσταμένης, με αντικείμενο την παροχή αγωγής και εκπαίδευσης και την κάλυψη των εκπαιδευτικών αναγκών των παιδιών που νοσηλεύονται στις διάφορες κλινικές του νοσοκομείου. Επίσης, στο σχολείο λειτουργεί το 1^ο Σ.Δ.Ε.Υ. που συντονίζει πέντε σχολικές μονάδες Γενικής Αγωγής μέσω των αντίστοιχων Ε.Δ.Υ.

Το όραμα του σχολείου μας είναι η παροχή γνώσεων και δεξιοτήτων, ώστε να καλύπτονται τα γνωστικά κενά που πιθανότατα θα προκύψουν, εξαιτίας της ασθένειάς τους, από την απουσία των παιδιών από το σχολείο γενικής αγωγής, στα οποία είναι εγγεγραμμένα, καθώς η κοινωνικοποίηση, η αποκατάσταση και η επανένταξή τους.