Το Ειδικό Δημοτικό Σχολείο Νάξου είναι ένα διθέσιο σχολείο με επτά μαθητές, οι οποίοι χωρίζονται σε δύο τμήματα.Ο μικρός αριθμός μαθητών σε κάθε τάξη και η πληθώρα επιστημονικών ειδικοτήτων επιτρέπουν το σχεδιασμό και την εφαρμογή εξατομικευμένων εκπαιδευτικών προγραμμάτων και παρεμβάσεων σύμφωνα με τις ιδιαίτερες ανάγκες κάθε μαθητή και πάντα σε συνεργασία με την οικογένεια.Το ωρολόγιο πρόγραμμα αποτελείται από έξι διδακτικές ώρες.Συγκεκριμένα η πρώτη διδακτική ώρα ξεκινά στις 08:15 π.μ. και τελειώνει στις 13:15 μ.μ..Στο ωρολόγιο πρόγραμμα περιλαμβάνονται επίσης δύο διαλείμματα, κατά τη διάρκεια των οποίων μαθητές και εκπαιδευτικοί δραστηριοποιούνται στο χώρο της παιδικής χαράς.Τέλος, κάθε μήνα πραγματοποιείται μία εκπαιδευτική επίσκεψη σε χώρους που επιλέγει ο Σύλλογος Διδασκόντων.