Το Ειδικό Δημοτικό Σχολείο Αμυνταίου λειτουργεί από το 1996 και συστεγάζεται με το 3ο Δημοτικό Σχολείο Αμυνταίου στην διεύθυνση Νότιος Περιφερειακός Αμυνταίου. Είναι μια Σχολική Μονάδα Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (ΣΜΕΑΕ) που υπάγεται διοικητικά στην Διεύθυνση Πρωτοβάθμιας Εκπαίδευσης Φλώρινας.  Ως ΣΜΕΑΕ η φοίτηση σε αυτό είναι υποχρεωτική και λειτουργεί ως αναπόσπαστο τμήμα της ενιαίας δημόσιας και δωρεάν εκπαίδευσης. Στο σχολείο μας φοιτούν μαθητές που δυσκολεύονται να παρακολουθήσουν το κοινό εκπαιδευτικό πρόγραμμα και για αυτό εφαρμόζονται εξειδικευμένα προγράμματα με βάση τον ρυθμό, το μαθησιακό προφίλ και τις ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες του κάθε μαθητή.