Το Σχολείο του χωριού μας λειτουργεί ως Ολοήμερο και βρίσκεται στο προαύλιο του Ι.Ν.Κοίμησης της Θεοτόκου σε χώρο που έχει παραχωρήσει η Εκκλησία. Η νέα του πτέρυγα (διώροφο κτίριο) κτίστηκε το 1993. Περιλαμβάνει έξι αίθουσες διδασκαλίας, εργαστήριο Η/Υ με διαδραστικό πίνακα, γραφείο διδακτικού προσωπικού και γραφείο Διευθυντή. Στην παλιά πτέρυγα υπάρχει αίθουσα εκδηλώσεων με θεατρική σκηνή που για τις ανάγκες της διδασκαλίας χωρίζεται με ηλεκτρική πόρτα σε δυο αίθουσες διδασκαλίας. Επίσης υπάρχουν τουαλέτες μαθητικές, βρύσες  και κυλικείο, όλα καλυπτόμενα με κεραμοσκεπή, όπως το απαιτούν οι κανόνες χτισίματος σε χωριό. Στον υπόγειο χώρο συστεγάζεται σε τρεις αίθουσες το 2/θ Ολοήμερο Νηπιαγωγείο Αφρατίου.

Το Σχολείο μας σήμερα έχει 92 μαθητές και το Ολοήμερο τμήμα 43

“Όλοι χωρίς εξαίρεσιν έχουν χρέος να ηξεύρουν γράμματα”

                                                               (Ρήγας Φεραίος)