Το Σχολείο του χωριού μας λειτουργεί ως Ολοήμερο και βρίσκεται στο προαύλιο του Ι.Ν.Κοίμησης της Θεοτόκου σε χώρο που έχει παραχωρήσει η Εκκλησία. Η νέα του πτέρυγα (διώροφο κτίριο) κτίστηκε το 1993. Περιλαμβάνει έξι αίθουσες διδασκαλίας (οι 2 με διαδραστικούς πίνακες και 2 με βιντεοπροβολείς), ξεχωριστό εργαστήριο Η/Υ με διαδραστικό πίνακα, γραφείο διδακτικού προσωπικού, γραφείο Διευθυντή και είναι ενταγμένο στο Δίκτυο σχολικών βιβλιοθηκών. Στην παλιά πτέρυγα υπάρχει αίθουσα εκδηλώσεων με θεατρική σκηνή που για τις ανάγκες της διδασκαλίας χωρίζεται με ηλεκτρική πόρτα σε δυο αίθουσες διδασκαλίας, στη μία από αυτές τοποθετείται η Α τάξη, και στην άλλη το τμήμα Ένταξης. Επίσης υπάρχουν τουαλέτες μαθητικές, βρύσες και κυλικείο, όλα καλυπτόμενα με κεραμοσκεπή, όπως το απαιτούν οι κανόνες χτισίματος σε χωριό. Στον υπόγειο χώρο συστεγάζεται – φιλοξενείται σε τρεις αίθουσες το 2/θ Ολοήμερο Νηπιαγωγείο Αφρατίου. Η αυλή του Σχολείου διαθέτει γήπεδα καλαθοσφαίρισης, πετοσφαίρισης και χειροσφαίρισης/μίνι ποδοσφαίρου.
Το Σχολείο μας σήμερα έχει 88 μαθητές και το Ολοήμερο τμήμα 36

“Όλοι χωρίς εξαίρεσιν έχουν χρέος να ηξεύρουν γράμματα”
(Ρήγας Φεραίος)
Δείτε τα όρια του Σχολείου μας εδώ