Το Μουσείο ιδρύθηκε μετά από μακροχρόνια συνεργασία του Δήμου Πρέβεζας και του μη κερδοσκοπικού οργανισμού Natoura Opava της Τσεχίας . Ο οργανισμός Natoura Opava εκπονεί συνεχώς από το 1992 με τους κορυφαίους φορείς της Φυσικής Ιστορίας της Δημοκρατίας της Τσεχίας επιστημονική έρευνα στην χερσόνησο της ευρύτερης περιοχής της Πρέβεζας.Τα αποτελέσματα έδειξαν, ότι ολόκληρη η περιοχή της χερσονήσου είναι πολύτιμη από πλευράς φυσικών επιστημών.
Στο μουσείο εκτίθενται μοναδικά είδη χλωρίδας και πανίδας, καθώς και ευρήματα από την προϊστορική περίοδο όπως μέρος από τον χαυλιόδοντα Μαμούθ . Η χερσόνησος του Αγίου Θωμά ,κρύβει αρκετά ακόμη ανεξερεύνητα μυστικά της φύσης.
Αξίζει λοιπόν να επισκεφθούν το μουσείο Φυσικής Ιστορίας όλοι οι μαθητές του νομού Πρέβεζας.
