Οι μαθητές και μαθήτριες επέλεξαν το θέμα που τους ενδιέφερε περισσότερο και συγκροτήθηκαν οι πέντε ομάδες:

1️⃣ Ο Κήπος στον χρόνο – Ιστορική ομάδα
2️⃣ Η Αμαλία και ο Κήπος των Ονείρων της – Πολιτισμική ομάδα
3️⃣ Τα δέντρα μιλούν – Ομάδα Φυτολογίου
4️⃣ Ο Εθνικός Κήπος… in English! – Ομάδα Αγγλικής Ξενάγησης
5️⃣ Μια σκηνή στον Κήπο – Θεατρική ομάδα

Κάθε ομάδα έλαβε οδηγίες, πηγές και το χρονοδιάγραμμα εργασιών. Δημιουργήθηκε επίσης ειδικό ψηφιακό μάθημα στην η-τάξη, όπου αναρτήθηκε υλικό, πηγές και φύλλα καθοδήγησης. Η φάση αυτή σηματοδότησε τη μετάβαση από την παρατήρηση στην ενεργή έρευνα, ενεργοποιώντας τους μαθητές ως μικρούς ιστορικούς, ερευνητές, δημιουργούς και αφηγητές.