Το νέο αρχαιολογικό μουσείο παρουσιάζει τις συλλογές του σε δεκαοκτώ ενότητες συνολικά. Οι έντεκα θεματικές ενότητες παρουσιάζουν τα αρχαιολογικά ευρήματα με χρονολογική σειρά από την Παλαιολιθική περίοδο έως και την ίδρυση του νέου Ελληνικού κράτους και παρουσιάζεται διαχρονικά ο πολιτισμός, η καθημερινή ζωή, η πολιτική και κοινωνική εξέλιξη στη Βοιωτία.
Παράλληλα σε επτά εξειδικευμένες ενότητες παρουσιάζεται η ιστορία του Αρχαιολογικού Μουσείου Θηβών και των πρώτων αρχαιολογικών ερευνών στην περιοχή, οι μύθοι που σχετίζονται με τη Βοιωτία και η πνευματική ακτινοβολία της Βοιωτίας από την αρχαιότητα έως και τη σύγχρονη εποχή.