Διαπλανητικό μέσο
Το φύλλο του ηλιοσφαιρικού ρεύματος
Το μεγαλύτερο μέρος του χώρου που καταλαμβάνει το Ηλιακό Σύστημα αποτελείται από σχεδόν απόλυτο κενό, γνωστό ως διαπλανητικό μέσο. Μαζί με το φως, ο Ήλιος εκπέμπει συνεχές ρεύμα φορτισμένων σωματιδίων (πλάσμα) γνωστό ως ηλιακός άνεμος. Αυτό το ρεύμα σωματιδίων απλώνεται προς τα έξω με ταχύτητα περίπου 1,5 εκατομμύριο χιλιόμετρα την ώρα,[52] δημιουργώντας μια αραιή ατμόσφαιρα που διαπερνά το διαπλανητικό μέσο σε ακτίνα τουλάχιστον 100 ΑΜ (δείτε § Ηλιόσφαιρα ).[53] Η δραστηριότητα στην επιφάνεια του Ήλιου, όπως οι ηλιακές εκλάμψεις και στεμματικές εκπομπές μάζας, διαταράσσει την ηλιόσφαιρα, δημιουργώντας καιρικές συνθήκες στο διάστημα και προκαλώντας τις γεωμαγνητικές καταιγίδες.[54] Η μεγαλύτερη δομή μέσα στην ηλιόσφαιρα είναι το φύλλο ηλιοσφαιρικού ρεύματος, μια σπειροειδής μορφή που δημιουργείται από την επίδραση του περιστρεφόμενου μαγνητικού πεδίου του Ήλιου στο διαπλανητικό μέσο.[55][56]
Το μαγνητικό πεδίο της γης εμποδίζει την απομάκρυνση της ατμόσφαιράς της από τον ηλιακό άνεμο.[57] Η Αφροδίτη και ο Άρης δεν έχουν μαγνητικά πεδία, με αποτέλεσμα ο ηλιακός άνεμος να προκαλεί σταδιακή απομάκρυνση των ατμοσφαιρών τους στο διάστημα.[58] Οι στεμματικές εκπομπές μάζας και παρόμοια γεγονότα απομακρύνουν ένα μαγνητικό πεδίο και τεράστιες ποσότητες υλικού από την επιφάνεια του Ήλιου. Η αλληλεπίδραση αυτού του μαγνητικού πεδίου και του υλικού με το μαγνητικό πεδίο της Γης διοχετεύει φορτισμένα σωματίδια στην ανώτερη γήινη ατμόσφαιρα, όπου οι αλληλεπιδράσεις της δημιουργούν σέλας που φαίνεται κοντά στους μαγνητικούς πόλους.
Η ηλιόσφαιρα και τα πλανητικά μαγνητικά πεδία (για τους πλανήτες που τα διαθέτουν) προστατεύουν εν μέρει το Ηλιακό Σύστημα από διαστρικά σωματίδια υψηλής ενέργειας που ονομάζονται κοσμικές ακτίνες. Η πυκνότητα των κοσμικών ακτίνων στο διαστρικό μέσο και η δύναμη του μαγνητικού πεδίου του Ήλιου αλλάζουν σε πολύ μεγάλες χρονικές περιόδους, οπότε το επίπεδο διείσδυσης των κοσμικών ακτίνων στο Ηλιακό Σύστημα ποικίλλει, αν και κατά πόσο είναι άγνωστο.[59]
Το διαπλανητικό μέσο φιλοξενεί τουλάχιστον δύο περιοχές που μοιάζουν με δίσκους κοσμικής σκόνης. Το πρώτο, το ζωδιακό νέφος σκόνης, βρίσκεται στο εσωτερικό ηλιακό σύστημα και προκαλεί το ζωδιακό φως. Πιθανότατα σχηματίστηκε από συγκρούσεις μέσα στη ζώνη των αστεροειδών που προκλήθηκαν από βαρυτικές αλληλεπιδράσεις με τους πλανήτες.[60] Το δεύτερο νέφος σκόνης εκτείνεται από περίπου 10 ΑΜ μέχρι περίπου 40 ΑΜ (1,5 με 6 δις χιλιόμετρα), και πιθανότατα δημιουργήθηκε από παρόμοιες συγκρούσεις εντός της ζώνης του Κάιπερ.[61][62]