Το σχολείο θεμελιώθηκε το 1928. Η ανάγκη για να χτιστεί ένα νέο σχολείο στη περιοχή προέκυψε μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή (1922) και την εγκατάσταση προσφύγων στη θέση Αρμένικα.
Τα εγκαίνια έγιναν το 1931, όταν πρωθυπουργός της χώρας ήταν ο Ελευθέριος Βενιζέλος, Υπουργός Παιδείας ο Γεώργιος Παπανδρέου και δήμαρχος της Αθήνας ο Σπύρος Μερκούρης.
Η χρονολογία που είναι γραμμένη στη μαρμάρινη πλάκα της εισόδου είναι 1928 και παρόλο που το σχολείο δεν είχε ακόμα χτιστεί, η λειτουργία του ξεκίνησε το 1928 στην «παραγκούπολη» των προσφύγων από την Αρμενία που είχαν εγκατασταθεί στη περιοχή Δουργούτι (Μεικτό Δημοτικό Σχολείο Δουργουτίου). Αυτός λοιπόν είναι και ο λόγος που το σχολείο μέχρι σήμερα φέρεται γραμμένο στις σφραγίδες ως εκλογικό κέντρο Δουργουτίου.
Το αρχικό κτήριο (η σημερινή «παλιά» πτέρυγά του) ήταν πετρόχτιστο και είχε επτά αίθουσες διδασκαλίας, μια αίθουσα για αποθήκευση τροφίμων και δύο γραφεία δασκάλων.
Κατά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο (1940-1945), λειτουργούσε για τις ανάγκες των ανθρώπων ως σταθμός πρώτων βοηθειών και μετά το βομβαρδισμό του Πειραιά φιλοξενεί «βομβόπληκτους», όπως αναφέρεται στα αρχεία. Λίγο αργότερα χρησιμοποιείται ως παρατηρητήριο των Άγγλων.
Από τη δεκαετία του 1940 και μέχρι την 27η Μαΐου 1950, στο σχολείο προσφερόταν συσσίτιο. Τα χρόνια αυτά που η πείνα και η εξαθλίωση μάστιζαν την Ελλάδα και περισσότερο τις πόλεις, το συσσίτιο ήταν μια όαση για τα μικρά σχολιαρόπαιδα του πολέμου. Στημένα καθημερινά στην ουρά περίμεναν με υπομονή τη σειρά τους για να «ξεγελάσουν» την πείνα τους. Μια φέτα ψωμιού και 15 γραμμάρια τυρί, μερικές φορές λίγο γάλα, ήταν η μερίδα του κάθε μαθητή την οποία έπαιρνε στο πρώτο διάλειμμα. Το μαγειρείο όπου ετοίμαζαν το συσσίτιο βρισκόταν στο υπόγειο του σχολείου. Ο νεροχύτης είναι το μοναδικό απομεινάρι που θυμίζει ότι η αίθουσα ήταν παλιά κουζίνα.
Μετά το τέλος του πολέμου το σχολείο συνεχίζει τη δική του πορεία και το 1952 συμπεριέλαβε νυχτερινή σχολή.
Στα τέλη της δεκαετίας τον 1970 χτίστηκε η καινούργια πτέρυγα με αποτέλεσμα το σχολείο να αποκτήσει ακόμη έξι αίθουσες διδασκαλίας. Το 1980 διασπάστηκε σε δύο σχολεία, προκειμένου να μη συστεγαστεί με μονάδα της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Για 31 χρόνια στο κτίριο συστεγάζονται το 96ο εξαθέσιο και 147ο εξαθέσιο Δημοτικό Σχολείο Αθηνών. Το 2011 τα δυο σχολεία συγχωνεύτηκαν στο 96ο δωδεκαθέσιο Δημοτικό Σχολείο Αθηνών.
Από το 1998 έως σήμερα λειτουργεί ως Ενιαίου Τύπου Ολοήμερο Δημοτικό Σχολείο.
Στον υπόγειο χώρο φιλοξενήθηκαν για πολλά χρόνια το 135ο και το 43ο Νηπιαγωγείο. Σήμερα στεγάζονται στις αίθουσες του ισογείου.
Το σχολείο αποτελεί το μοναδικό στην περιοχή που πλησιάζει τα εκατό χρόνια από την ίδρυσή του γι’ αυτό και διαθέτει ένα σημαντικό ιστορικό υλικό που χρειάζεται προστασία. Παράλληλα συμπορεύεται ανταποκρινόμενο στις απαιτήσεις και τις εκπαιδευτικές προκλήσεις των καιρών, παρέχοντας σημαντικές υπηρεσίες στην εκπαίδευση και τον πολιτισμό. (Πηγή: Σιάκη Ε., Στούπας Θ., 1999, Η ιστορία του σχολείου μας)
Εργασίες κατασκευής της νέας πτέρυγας του σχολείου (δεκαετία ’70)
Το 2020 δημιουργήθηκε τοιχογραφία στο 96ο Δημοτικό Σχολείο Αθηνών μέσω του προγράμματος “Ζωγραφίζοντας Σχολικά Κτίρια – UrbanAct”, υπό την αιγίδα του Δήμου Αθηναίων και με τη χορηγία του Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων του σχολείου. Το πρόγραμμα UrbanAct επικεντρώνεται στη δημιουργία μεγάλων τοιχογραφιών σε επιφάνειες σχολικών κτιρίων με την συμμετοχή επώνυμων καλλιτεχνών – τοιχογράφων από την graffiti και street art σκηνή της Ελλάδας αλλά και από τον ευρύτερο καλλιτεχνικό χώρο.
(χορηγός χρωμάτων: Flame, καλλιτέχνης: Same84)
To 2023 δημιουργήθηκε τοιχογραφία από τον καλλιτέχνη Νικόλαο Παππά (NikHandmade) με τη χορηγία του Συλλόγου Γονέων και Κηδεμόνων του σχολείου στην οδό Λυσιμαχίας στην πλαϊνή όψη του κτηρίου του σχολείου μας!
