Μέσα από τις θεματικές ενότητες που περιλαμβάνει το μουσείο οι μαθητές γνώρισαν τις φάσεις του Μακεδονικού Αγώνα, τους Μακεδονομάχους με εξέχοντα προσωπικότητα τον Παύλο Μελά, το ρόλο που διαδραμάτισε το ελληνικό προξενείο Θεσσαλονίκης ως κέντρο συντονισμού του Μακεδονικού Αγώνα κ.ά.
