Το 5ο Νηπιαγωγείο Νίκαιας λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 1966-1967 (με Φ.Ε.Κ. ίδρυσης το 247/12-11-1966).

Αρχικά στεγάστηκε στο 13ο Δημοτικό Σχολείο Νίκαιας, στη συνέχεια επειδή οι αίθουσες στις οποίες στεγαζόταν κρίθηκαν ακατάλληλες για την φιλοξενία νηπίων, το 5ο μεταστεγάστηκε σε κατάστημα στην οδό Ομήρου 17. Εκεί λειτούργησε σε εναλλασσόμενη βάρδια με το 13ο Νηπιαγωγείο Νίκαιας.

Το 1999 το κατάστημα κρίθηκε ακατάλληλο ύστερα από το σεισμό της Αθήνας και το 5ο φιλοξενήθηκε στο κτήριο του 13ου Νηπιαγωγείου (Πραξιτέλους και Φλέμινγκ).

Το σχολικό έτος 2001-2002  το Νηπιαγωγείο μετακομίζει και πάλι σε κατάστημα, στην οδό Θεμιστοκλέους 46. Εκεί λειτούργησε για δύο σχολικά έτη.

Το Μάιο του 2004 το 5ο Νηπιαγωγείο μετακομίζει στο καινούριο του κτήριο  στην οδό Μουσών και Λυκούργου, όπου είχε στεγαστεί και κατά το πρώτο διάστημα λειτουργίας του.

Η «Οδύσσεια» του 5ου επιτέλους τελείωσε!