Η ιστορία του σχολείου μας ξεκινά από το 1890, όταν λειτούργησε για πρώτη φορά ως 2/τάξιο Δημοτικό Σχολείο Καλυβίων. Ήταν οργανωμένο ως Ιδιωτικό Σχολείο με τέσσερις τάξεις και έναν δάσκαλο. Αργότερα μετακινήθηκε στην οδό Αγ. Γεωργίου στο οίκημα Γ. Χρυσούλη και λειτούργησε ως δημοσυντήρητο Δημοτικό Σχολείο ως το 1903. Από το 1903 ως το 1906 εγκαταστάθηκε στο οίκημα Δημητρουλάκη, απέναντι από την εκκλησία του Αγ. Γεωργίου.
Το 1906 με ενέργειες του τότε δημάρχου Παναγιώτη Μπενάκη έγινε η ανέγερση του κτηρίου που στεγάζει το σχολείο σήμερα. Τον Αύγουστο του 1906 μετονομάστηκε σε 3ο πλήρες Δημοτικό σχολείο Αρρένων και το 1929 σε 5ο μεικτό Δημοτικό Σχολείο Καλαμάτας, Μπενάκειο.
Ο ίδιος ο Μπενάκης στην λογοδοσία του για τα πεπραγμένα του δήμου ? η οποία σώζεται στην Λαϊκή Βιβλιοθήκη Καλαμάτας – πριν από τις εκλογές του 1914 περιγράφει: «Κατά το εξαετές διάστημα της δημαρχοντίας μου και παρά τας αντιδράσεις, ειργάσθην όσον μοι ήτο δυνατόν· ανωκοδόμησα το Γ’ Δημοτικόν Σχολείον Καλυβίων.
?Επεσκεύασα τα κρεοπωλεία και το Δημοτικόν Σχολείον, άτινα αφ? ης εποχής κατεσκευάσθησαν παρά του μακαρίτου πατρός μου δεν είχον τύχη της ελαχίστης επισκευής.?
?Εύρον τα Σχολεία εις οικτράν κατάστασιν· τα παιδιά σας εφοίτων εις τρώγλας μάλλον ή σχολεία και εκεί κατεστρέφετο η υγεία των· εκτός της σχολής των Καλυβίων ενοικίασα τα καλλίτερα οικήματα της πόλεως διά Σχολεία, δεν εφείσθην ουδεμιάς δαπάνης, διότι επίστευον ότι και η ζωή ενός παιδιού αξίζει πολύ περισσότερον των δαπανών του δήμου. Ερωτήσατε οι γονείς τους διδασκάλους ποια ήσαν τα οικήματα όταν ανέλαβον την εξουσίαν και ποια είναι σήμερον».
Το κτήριο είναι ισόγειο και νεοκλασικό. Πριν από το σεισμό του 1986 λειτουργούσε με έξι αίθουσες, όμως οι ζημιές ήταν εκτεταμένες και κατά την επισκευή κατεδαφίστηκε η νοτιοδυτική αίθουσα.
Το Μπενάκειο έχει χαρακτηρισθεί από την Unesco ως ζωντανό Μνημείο Παγκόσμιας Κληρονομιάς. Η αρχιτέκτονας ? μηχανικός Βεατρίκη, Γάττου περιγράφει: «Το ισόγειο νεοκλασικό κεραμοσκεπές σχολικό κτίριο χαρακτηρίζεται από λιτότητα και συμμετρία στην διάταξη των χώρων στην κάτοψη όπως και των ανοιγμάτων στις όψεις. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα επιμέρους μορφολογικά του στοιχεία όπως: η στοά στο μέσον της κύριας όψης, τα αετώματα, η κορνίζα κάτω από το γείσο της στέγης, κ.α.»
Σήμερα έχουν ολοκληρωθεί οι επισκευές από τα σ συνεργεία του Δήμου και το σχολείο διαθέτει έξι μεγάλες αίθουσες διδασκαλίας, από τις οποίες η μία έχει θεατρική σκηνή και χρησιμοποιείται και ως αίθουσα εκδηλώσεων. Επιπλέον το σχολείο διαθέτει πλήρως εξοπλισμένο εργαστήριο πληροφορικής.
Δυτικά βρίσκεται το ένα από τα δύο προαύλια και ανατολικά το άλλο, τα οποίο κοσμούν τρία αιωνόβια πλατάνια και περιφράχτηκε με την ευγενική χορηγία του Σταύρου Παπαδόπουλου, απόφοιτο του σχολείου μας.
Το σχολείο μας είναι 6/θεσιο, ολοήμερο και το ωρολόγιο πρόγραμμα εμπλουτίζεται με τις ειδικότητες. Κάθε χρόνο ο αριθμός των μαθητών αυξάνεται και έτσι συνεχίζεται η παράδοση που θέλει το σχολείο αυτό παραπάνω από 100 χρόνια να φιλοξενεί χαρούμενες παιδικές φωνές και ανέμελα ξεφαντώματα στα προαύλια.
Ποιος ήταν ο Παναγιώτης Μπενάκης;
Ο Παναγιώτης Μπενάκης καταγόταν από την ιστορική οικογένεια που διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στη ζωή της πόλης από τα μέσα του 18ου αιώνα.
Ο πιο γνωστός πρόγονός του ήταν ο Παναγιώτης Μπενάκης, ο οποίος ασχολήθηκε με το εμπόριο και απέκτησε τεράστια περιουσία έχοντας χιλιάδες στρέμματα στην κατοχή του και γι? αυτό οι Τούρκοι προσπαθούσαν να τον προσεταιριστούν. Το 1767 είχε έρθει σε επαφή με τους απεσταλμένους της Αικατερίνης Β΄ προκειμένου να οργανώσει εξέγερση. Με δικά του χρήματα εξόπλισε σώμα Μανιατών με το οποίο έλαβε μέρος στα Ορλωφικά. Μετά από την καταστολή της εξέγερσης συνέχισε η οικογένειά του να πρωταγωνιστεί στα ιστορικά δρώμενα και αργότερα στην αστική οργάνωση της πόλης της Καλαμάτας.
Ήταν γιος του επίσης δημάρχου Καλαμάτας Εμμανουήλ Μπενάκη (1874-1878) και σπούδασε δικηγόρος στην Αθήνα. Κατά τη δημαρχοντία του έγιναν πολλά σπουδαία έργα στην πόλη της Καλαμάτας.