Το 4ο Γυμνάσιο Καστοριάς ιδρύθηκε το 1988 με το Π.Δ. 404/26-8-1988 που δημοσιεύτηκε στο ΦΕΚ 188/τ.Α/1988. Κατά την πρώτη χρονιά λειτουργίας του δηλαδή το σχολικό έτος 1988-89 λειτούργησε με 6 τμήματα, δύο σε κάθε τάξη και 125 μαθητές. Το κτίριο που φιλοξένησε τους πρώτους μαθητές ήταν το διδακτήριο του 5ου Δημοτικού Σχολείου Καστοριάς. Από το 1996 λειτουργεί στις σημερινές εγκαταστάσεις.