Το κτήριο του σχολείου αποτελείται από το κεντρικό διώροφο τμήμα, όπου είναι οι αίθουσες διδασκαλίας και από το κτήριο της αίθουσας πολλαπλών χρήσεων. Το 2ο ΓΕΛ Ηρακλείου διαθέτει 11 αίθουσες διδασκαλίας, μία Αίθουσα Προβολών κατάλληλα εξοπλισμένη, Εργαστήριο Φυσικών Επιστημών, Εργαστήριο Η/Υ και Αίθουσα Σχεδίου. Επίσης υπάρχει κυλικείο και αίθουσα ιατρείου-covid.
Κατά τη διάρκεια του σχολικού έτους 2021-22 πραγματοποιήθηκε ανακαίνιση και αναδιαρρύθμιση της αίθουσας Σχολικής Δανειστικής Βιβλιοθήκης με την ανάλογη αναβάθμιση και εμπλουτισμό σε βιβλία. Επίσης την ίδια χρονιά το σχολείο εξοπλίστηκε με δύο συστήματα διαδραστικού πίνακα – βιντεοπροβολέα που εγκαταστάθηκαν σε δύο αίθουσες καθώς και με έναν ακόμη βιντεοπροβολέα σε τρίτη αίθουσα.
Η Αίθουσα Πολλαπλών Χρήσεων χρησιμοποιείται ως αίθουσα εκδηλώσεων, σχολικών εορτών και θεατρικών παραστάσεων, ως αίθουσα διαλέξεων και ως κλειστό γυμναστήριο. Περιλαμβάνει τρεις ανεξάρτητες αποθήκες γυμναστηρίου, ηχητικών και θεατρικού ενώ διαθέτει τρία τραπέζια επιτραπέζιας αντισφαίρισης.
