Το 2ο Γυμνάσιο Χρυσούπολης ιδρύθηκε το 2014, με την την Αριθμ. 117393/Δ4/31-07-2014 Απόφαση του Υπουργείου Παιδείας.
Πρώτος διευθυντής του σχολείου και για τρεις μήνες διετέλεσε ο κ. Ιωάννης Παντελίδης. Τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους Διευθύντρια του σχολείου ορίστηκε η κ. Δήμητρα Καποδίστρια η οποία και έμεινε σε αυτήν τη θέση μέχρι και τη σχολική χρονιά 2016-2017. Τη σχολική χρονιά 2017-2018 Διευθύντρια του σχολείου ορίστηκε η κ. Ολυμπία Τσορμπατζόγλου και η θητεία της λήγει στις 31-07-2020
Το σχολείο για ενάμιση χρόνο συστεγάστηκε με το 1ο Γυμνάσιο Χρυσούπολης στο παλιό κτήριο του Γυμνασίου. Τον Ιανουάριο του 2016 και μετά την αποπεράτωση των εργασιών στο νέο κτήριο, περιοχή Προαστίου, το σχολείο μεταφέρθηκε στον νέο χώρο. Τη σχολική χρονιά 2017-18 παραδόθηκε και το δεύτερο κτήριο όπου στεγάζονται το κυλικείο, η αίθουσα πολλαπλών χρήσεων και κάποιες τάξεις του σχολείου.
Τέλος, το σχολείο διαθέτει βιβλιοθήκη με περισσότερα από 1000 βιβλία ο χώρος της οποίας διαμορφώνεται για να αφορά όχι μόνο τους μαθητές του σχολείου αλλά να γίνει ένας πολυχώρος πολιτισμού και δράσεων.