Η περιοχή χαρακτηρίζεται από την ανάπτυξη δραστηριοτήτων του πρωτογενούς τομέα, (γεωργία, κτηνοτροφία, αλιεία, εξορύξεις) και ταυτόχρονα υπάρχει μία τάση ανάπτυξης δραστηριότητας του τριτογενούς τομέα (τουρισμός).
Κυρίαρχη δραστηριότητα της ευρύτερης περιοχής αποτελεί ο τομέας της γεωργίας με έμφαση τις εντατικές γεωργικές καλλιέργειες στις οποίες γίνεται κάποιες φορές αλόγιστη χρήση φυτοφαρμάκων. Οι εκπλύσεις θρεπτικών συστατικών από τη λίπανση των καλλιεργειών της ευρύτερης περιοχής, μεταφέρονται στη λιμνοθάλασσα και εντείνουν το φαινόμενο του ευτροφισμού. Συνέπεια αυτού είναι η σημαντική μείωση του διαλυμένου οξυγόνου και ο μαζικός θάνατος ψαριών.
Ακόμα και η ανεξέλεγκτη ρίψη απορριμμάτων και υπολειμμάτων γεωργικών φαρμάκων, επιβαρύνει το ευαίσθητο αυτό οικοσύστημα.
Μία άλλη σοβαρή απειλή είναι η έντονη και παράνομη θήρα. Ανέκαθεν το κυνήγι στο Κοτύχι ήταν υπερβολικό και μόνο τα τελευταία χρόνια, με τις απαγορεύσεις που θεσπίστηκαν και την ευαισθητοποίηση των κατοίκων της ευρύτερης περιοχής, ο κίνδυνος για την ορνιθοπανίδα μειώθηκε.
Αλλά και η εισροή των νερών των επτά χειμάρρων που καταλήγουν στη λιμνοθάλασσα, συντελεί στην υποβάθμισή της αφού μεταφέρει εκτός των άλλων και πολλά αδρανή υλικά που προσχώνουν τη λιμνοθάλασσα και ευθύνονται για τη βαθμιαία συρρίκνωσή της.
